Primeiramente, de substituição ou de ignorar URLs serão aplicadas apenas a URLs recém-geradas. (Isso é necessário para evitar páginas 404 em URLs antigas, o que poderia prejudicar o SEO).
Você precisará atualizar os URLs diretamente no painel de controle Linguise e criar suas regras de redirecionamento no arquivo .htaccess.
Agora, sobre as regras não aplicadas no conteúdo HTML, isso pode ser devido ao cache local . Você pode limpar o cache local nas configurações da extensão no painel de administração do seu site.
Basta clicar no botão "Limpar cache" e tudo deverá funcionar corretamente. Se você tiver outros serviços de cache em uso no seu site, como o Cloudflare, talvez também precise limpá-los.