En primer lugar, de reemplazo o de omisión solo se aplicarán a las URL generadas recientemente. (Es necesario evitar páginas 404 en URL antiguas que podrían perjudicar el SEO).
Tendrás que actualizar las URL directamente en el panel Linguise y crear tus reglas de redirección en tu archivo .htaccess.
En cuanto a las reglas que no se aplican en el contenido HTML, podría deberse a la caché local . Puedes borrarla en la configuración de la extensión, en la sección de administración de tu sitio web.
Simplemente pulsa el botón "Borrar caché" y debería funcionar correctamente. Si tienes otros servicios de caché, como Cloudflare, también podrías tener que borrarlos.