En primer lugar, de reemplazo o de ignorar solo se aplicarán a las URL recién generadas. (Es necesario para evitar páginas 404 en URL antiguas que podrían perjudicar el SEO).
Tendrás que actualizar las URL directamente en el panel Linguise y crear tus reglas de redirección en tu archivo .htaccess.
Ahora bien, respecto a las reglas que no se aplican al contenido HTML, podría deberse a la caché local. Puedes borrar la caché local en la configuración de la extensión, en el panel de administración de tu sitio web.
Simplemente pulsa el botón "Borrar caché" y debería solucionarse. Si utilizas otros servicios de caché, como Cloudflare, es posible que también tengas que borrarlos.